L'Ordine 66 fu l'ordine che il Cancelliere Palpatine diede alla Grande Armata della Repubblica nell'Episodio III: Vendetta dei Sith. Era uno dei numerosi ordini di emergenza impartiti ai Clone Troopers, che erano stati addestrati a seguire senza dubbio in caso di emergenza. L'ordine 66, che poteva essere eseguito solo su comando diretto di Palpatine, prevedeva che i Clone Troopers uccidessero i loro leader Jedi. Apparentemente in atto per impedire ai Jedi di ribellarsi alla Repubblica, l'Ordine 66 era in realtà il piano di Palpatine di eliminare l'Ordine Jedi in modo che i Sith potessero prendere il potere.

In-Universe: Order 66 afferma:

In caso di ufficiali Jedi che agiscono contro gli interessi della Repubblica e dopo aver ricevuto ordini specifici verificati come provenienti direttamente dal Comandante Supremo (Cancelliere), i comandanti GAR rimuoveranno quegli ufficiali con forza letale e il comando del GAR tornerà al Comandante supremo (cancelliere) fino a quando non viene stabilita una nuova struttura di comando.

Quando fu emesso l'Ordine 66, un certo numero di Clone Troopers credette che fosse un falso ordine e iniziarono a proteggere i Jedi invece di ucciderli. Diversi altri Jedi sopravvissero uccidendo i Clone Troopers attaccanti.

Darth Vader guidò la campagna per dare la caccia e uccidere la maggior parte dei sopravvissuti negli anni successivi all'Ordine 66. Questa distruzione imperiale degli Jedi è conosciuta come la Grande Purga Jedi. Oltre 100 Jedi ed ex Jedi si sono nascosti e sono sopravvissuti all'intera Purga; per esempio, Yoda e Obi-Wan Kenobi sopravvissero andando in esilio sui remoti pianeti di Dagobah e Tatooine.