La famiglia Prado e The Skinner sono al centro della stagione 3 di Dexter. Inoltre, Dexter diventa un uomo di famiglia.

La vita personale di Dexter

Rita scopre di essere incinta e decidono di sposarsi. Mentre Rita progredisce con i piani di matrimonio, Dexter è andato molto con il suo nuovo amico, Manuel Prado. Manuel vede Dexter per quello che è veramente e non è respinto. Dexter inizia a abbassare la guardia con Manuel e diventano veri amici.

Nel momento in cui muore quasi per mano di George King, Dexter si rende conto che vuole davvero vedere suo figlio venire nel mondo e vuole vederlo crescere.

Dexter chiede a Debra di essere il suo uomo migliore e lui e Rita si sposano.

Codice di Harry

Dexter scopre che un predatore sessuale sta guardando Astor. Secondo il codice di Harry, Dexter non può uccidere il predatore perché non è un assassino. Dexter conclude che il codice deve evolversi e diventare suo. Uccide il predatore.

La famiglia del Prado

Dexter trova la sua prossima uccisione, un omicida spacciatore che si chiama Freebo. Dexter si imbatte accidentalmente in uno scontro tra Freebo e un uomo che in seguito apprende è Oscar Prado. Freebo scappa e Dexter uccide Oscar per autodifesa. Il fratello di Oscar, Assistente del procuratore distrettuale Miguel Prado, lavora sul caso. Miguel ha una storia con LaGuerta e sono ancora vicini.

Dexter trova Freebo e lo uccide, ma Miguel quasi lo cattura. Fuori, Dexter dice a Miguel che ha dovuto uccidere Freebo per legittima difesa. Miguel lo aiuta a nascondere il crimine e i due iniziano a uscire insieme. A Rita piace passare il tempo con la moglie di Miguel, Syl.

Miguel mette insieme due e due quando un criminale di cui si lamentava è morto. Vuole lavorare con Dexter per rendere la città un posto più sicuro. Dexter vuole scoraggiarlo e quindi escogita un piano per convincere Miguel a lasciare andare un criminale in modo che Dexter possa ucciderlo. È scioccato quando Miguel segue il piano.

Miguel vuole che uccidano un duro avvocato difensore, Ellen Wolf, che si mette sulla strada di Miguel in modo professionale. Dexter dice che non si adatta al codice, e quando si presenta mancante, Dexter sospetta Miguel e conferma i suoi sospetti seguendo gli indizi lasciati da Miguel.

Dexter cerca di far leva su Miguel, ma alla fine arriva alla conclusione che dovrà ucciderlo. Miguel assume suo fratello arrabbiato, Ramon, come guardia del corpo. Il piano di Dexter è di farlo la notte del matrimonio perché Miguel doveva essere il suo uomo migliore. Dexter nota che LaGuerta è su Miguel e che è in pericolo, quindi Dexter lo uccide prima.

Yuki Amado

Yuki, un agente degli affari interni, contatta Debra perché desidera informazioni sul nuovo partner di Debra, Joey Quinn. Debra rifiuta le molte, molte richieste di Yuki e alla fine dice a Quinn che è stato indagato. Quinn dice che è personale, ma in seguito dice a Debra che Yuki era il suo partner e lei non lo perdonò mai per aver saputo della tossicodipendenza di un collega e aver cercato di aiutarlo personalmente piuttosto che andare dai loro superiori. L'uomo è morto per overdose di droga.

The Skinner

Quando Dexter riconosce per la prima volta una vittima come Teegan, la ragazza di Freebo, suppone che Freebo l'abbia uccisa. Ma, quando le uccisioni continuano dopo che Dexter ha ucciso Freebo, sa che è qualcun altro, nonostante il dipartimento di polizia stia cercando Freebo. Il killer si chiama The Skinner perché rimuove la pelle della sua vittima prima di ucciderla. Il dipartimento alla fine collega George King agli omicidi e Dexter scopre che pella la gente come una tortura perché vuole che gli diano come trovare Freebo, che gli deve dei soldi.

Lo Skinner rapisce Dexter e lo lega a un tavolo. Dexter si libera e uccide The Skinner proprio mentre arriva la polizia. Dexter lo lancia su una macchina della polizia per farlo sembrare un suicidio e poi si insinua fuori dal finestrino.

Il ragazzo di Debra

Durante la ricerca di The Skinner, Quinn dice a Debra di parlare con il suo informatore confidenziale, Anton Briggs. Debra gli parla più volte e formano una relazione romantica. Debra si sente in colpa per avere una relazione con un CI e dice a Dexter che il padre non approverebbe. Dexter dice a Debra che il padre aveva una relazione con un CI.

Il sergente Batista raccomanda a Debra uno scudo da detective e LaGuerta le chiede se preferisce avere lo scudo o Anton, e sceglie Anton. LaGuerta dice che la sua vita personale dovrebbe sempre venire prima, e le dà lo scudo.

Anton viene preso da The Skinner e Debra fa gli straordinari fino a quando non trova Anton.

Connessione di Dexter

Dexter, che afferma di non avere sentimenti, è sempre alla ricerca di una connessione. Pensava di aver trovato quella connessione in Miguel Prado e di aver iniziato a condividere i suoi segreti più profondi, solo per scoprire che Miguel lo stava manipolando. La ricerca di Dexter per la connessione continua.